La cession globale d'un fonds de commerce n'est pas soumise à la TVA dès lors qu'elle est soumise au droit proportionnel d'enregistrement prévu par l'article 719 du code général des impôts. 

En dehors des éléments incorporels soumis aux seuls droits d'enregistrement, la cession globale d'un fonds de commerce pose deux problèmes au regard de la TVA : le sort des biens mobiliers d'investissement (matériel, ...) et le sort des marchandises destinées à la revente. 

1- Cession des biens mobiliers d'investissement  
Depuis le 1er janvier 1990, ces cessions sont normalement assujetties à la TVA en plus des droits d'enregistrement, lorsque les biens en cause ont donné lieu à récupération de TVA lors de leur acquisition. 
Cette taxation n'est cependant pas exigible lorsque l'acheteur ou la société bénéficiaire de l'apport s'engage dans l'acte de cession, soit à soumettre à la TVA les cessions ultérieures de ces biens soit à procéder aux régularisations qui auraient été exigibles si le cédant ou l'apporteur avait continué à utiliser les biens. 

L'engagement est formalisé dans une déclaration en double exemplaire, adressée au service des impôts dont relève le nouvel exploitant ou la société bénéficiaire des apports. 
Si la revente des biens se fait elle-même dans le cadre d'une nouvelle cession globale du fonds, les mêmes règles peuvent s'appliquer à nouveau. 
La dispense de taxation concerne les opérations entre redevables de la TVA totalement ou partiellement. 

Si la cession est faite par un assujetti redevable au profit d'un assujetti non redevable, la TVA sera exigible. 

Lorsque la TVA est exigible, les droits d'enregistrement ne portent que sur la valeur hors TVA des biens vendus. 

2- Cession des marchandises neuves destinées à la revente 
Cette cession est normalement soumise à la TVA et, contrairement aux biens mobiliers d'investissement, le prix de cession des marchandises neuves est alors exonéré de droits d'enregistrement. 

Une dispense de taxation des marchandises est cependant prévue lorsque la cession se fait dans le cadre : 
* d'une fusion, d'une absorption, d'un apport partiel d'actif ou d'un apport en société de fonds de commerce ; 
* de la cession du fonds de commerce à un redevable soumis au régime simplifié d'imposition ; 
* de la transmission à titre gratuit du fonds de commerce. La dispense de taxation nécessite là aussi un engagement dont le contenu est précisé dans une instruction 3D-4-96 qui définit l'ensemble des règles à suivre dans les situations susvisées. 

Si la cession des marchandises n'est pas soumise à la TVA, elle rentre dans le prix de vente du fonds soumis aux droits d'enregistrement. 

Textes de référence
bulletin officiel des impôts 3-A-6-90, 3-A-10-91, 3-D-4-96
articles 719 et 723 du code général des impôts